Asas
Asas kelembagaan Pondok Pesantren Gemek Al-Fatihah sebagai wadah pendidikan kader bangsa, negara, dan agama adalah Pancasila dan Undang-Undang Dasar 1945.
Dasar
Dasar amaliyah sebagai lembaga sosialisasi nilai agama adalah ahli sunnah wal jamaah. Dengan petunjuk konstruktif melalui empat madzab yaitu Maliki, Syafii, Hambali, dan Hanafi.
Tujuan
Membentuk kader muslim yang sejati. Aktif dalam menjalankan ajaran Islam dan konsekuen terhadap kesaksiannya.
Menempatkan ilmu pengetahuan sebagai penegak agama dan negara.
Membentuk manusia-manusia yang akrab dan selalu mencintai Allah SWT. Lewat kesadaran bahwa hanya petunjuk-nya yang akan sanggup menciptakan kebaikan.
Seperti sabda Rasulullah SAW:
Barang siapa bertambah Ilmunya dan tidak bertambah petunjuk Allah SWT, maka akan menjatuhkan dari kedamaian